• VÁBENÍ
  rituel des fossiles préhistoriques de l’Homme pour chœur mixte et orchestre symphonique (2009-2011)

• LUMINARIUM
  concerto pour clarinette et orchestre (2002)

• ZVĚROHRA
  recueil de chants anthropoïdes pour soprano et orchestre (2008)

• DRUHOPISY
  atelier d'instruments de musique populaire des pays tchèques pour orchestre de chambre (2013)

• CHANT G’HAI
  pour suona traditionnel chinois et orchestre symphonique (2007-2010)

• OTISK
  gisement paléolithique de la musique pré-instrumentale pour orchestre symphonique (2004)

• LE CORBEAU À QUATRE PATTES
  farce mélodramatique pour deux voix d’homme parlée et ensemble instrumental (2006)

• MÉLODICTIONNAIRE
  concerto pour piano et septuor instrumental (2014)

• ASTROPHONIA
  concerto pour alto et orchestre à cordes avec piano (1998 / 2002)

• PRAHARPHONA
  musique de l’ancienne et de la nouvelle Prague, concerto pour harpe et orchestre (2009)

• TROIS MOUVEMENTS CONCERTANTS
  version pour violoncelle et orchestre à cordes (1997)

• MORANA
  accueil du printemps en Bohème pour orchestre à cordes de jeunes ou d'enfants (2013)
  

• PRAHARPHONA SEXTET
  musique de l’ancienne et de la nouvelle Prague pour harpe solo, quatuor à cordes et percussions (2009)

• ANTHOLOGIE DES RÊVES
  trio pour violon, violoncelle et piano (2002)

• HYPNOZY
  quintette à vents (2006)

• BATALION
  pour piano, clarinette, violoncelle et piano électronique (2002)

• ARBORETUM DU TEMPS
  quintette pour quatuor à cordes et clarinette (2016)

• BÁCHORKY
  pour alto, clarinette, piano et instruments populaires tchèques et moraves (2016)

• EXALTUM
  quatuor pour piano et cordes (1998)

• PERLUDIA
  trio pour flûte en sol, violon et violoncelle (1996)

• VAKERKEÏNEA
  trio à cordes (2001)

• FABLES
  quatuor à cordes n°1 (1996)

• LIVRE DES CENDRES
  quatuor à cordes n°2 in memoriam Z. M. (2011)

• TROIS MOUVEMENTS CONCERTANTS
  pour quatre violoncelles (1995)

• TROIS MOUVEMENTS CONCERTANTS
  pour deux altos, quatre violoncelles et contrebasse (2004)

• HOROSCOPE
  trio pour violon, violoncelle et piano (2001)

• POÈMES
  duos pour violon et violoncelle / alto (1994)

• CINQ PETITES ÉNIGMES
  pour violoncelle et piano (1995)

• KOUZNÉTSOV
  mélodrame pour un comédien (et un) pianiste (2005)

• LE CHAUDRON DU DIABLE
  mélodrame pour un comédien (et un) pianiste (2011)

• LE MYSTÈRE DE MONSIEUR RYBKA
  mélodrame pour un comédien (et un) pianiste (2015)

• DEVANT LA CAGE AFFAMÉE
  mélodrame pour un comédien (et un) pianiste

• L'HOMME QUI NE POUVAIT S'ENDORMIR
  mélodrame pour un comédien (et un) pianiste (2017)

• VOJA CELLO
  grand solo pour violoncelle (1999)

• DOLMEN
  pour violoncelle (2011)

• MELOPA
  pour clavecin (2009)

• NIDS DE CIGOGNES
  babillo-drame pour alto seul et enregistrement de voix d’enfants (2007)

• SYLINX
  pour clarinette (2000)

• 6 SONATES
  pour violon (2001)

• ONYRIK
  récits futurs et exotiques pour piano (2013)

• LABYRINTHE
  pour alto (2000)

• LA T-RIOMPHANTE
  pour piano (2001)

• GLACES À VOLONTÉ
  4 pièces faciles pour piano (2013)

Oeuvres du répertoire classique :

• MLÁDÍ sextuor à vents de Leoš Janáček
  arrangé pour quatuor à cordes (2016)

• 12 PRÉLUDES pour piano op. 11 d'Alexandre Scriabine
  arrangés pour orchestre à cordes (1996)

• TRIO "DUMKY" op. 90 d’Antonín Dvořák
  arrangement pour alto, clarinette et piano (2012)

• SONATE POUR VIOLON n°1 d’Eugène Ysaÿe
  arrangée pour piano seul (1994)

• ELEGY in memoriam Rupert Brook pour orchestre à cordes et harpe de Frederick Septimus Kelly
  arrangé pour quatuor à cordes (2014)

Musique populaire d’Europe centrale recueillie par Milena Dolinová et transcrite par Kryštof Mařatka :

Kryštof Mařatka / Milena Dolinová

• CSARDAS N°1
  pour quatuor à cordes, clarinette et piano

• CSARDAS N°3
  pour violon ou violoncelle et piano

• CSARDAS N°4
  pour 2 altos/violons/clarinettes et piano/orchestre à cordes

• CSARDAS n°5
  pour flûte/violon, clarinette, alto, violoncelle et piano

• CSARDAS N°6
  pour 2 violons, alto, contrebasse/violoncelle, clarinette et piano

• CSARDAS N°7
  pour alto/clarinette et piano

• CSARDAS N°8
  pour violon, alto et violoncelle